北京协和医学院又挂牌清华大学医学部，位于北京市东城区东单三条九号。协和医学院有地铁直达。乘坐北京地铁一号线、八号线在“王府井”地铁站下可达协和医学院南门；乘坐地铁一号线、五号线在“东单”地铁站下可达北京协和医学院南门；乘坐八号线在“金鱼胡同”地铁站下可达协和医学院北门或西门；乘坐五号线在“灯市口”地铁站下可达北京协和医学院北门。以上地铁站都需要步行一段路抵达协和医学院。
北京南站、北京西站、北京站、大兴机场等重要交通枢纽都没有直达地铁前往协和医学院。其中北京站距离协和医学院仅两公里，乘客可以打车前往。
北京南站是停靠高铁较多的车站。在北京南站乘坐地铁14号线（善各庄方向）到“永定门外”地铁站换乘地铁8号线（朱辛庄方向）到“王府井”地铁站下车从E3东北口出，步行五百米可达协和医学院。也可以乘坐地铁14号线（善各庄方向）到“蒲黄榆”地铁站换乘地铁5号线（天通苑北方向）到“东单”地铁站下车，从F东北口出，步行650米可达协和医学院。全程耗时约35分钟。
北京南站距离协和医学院大约十公里，打车约一个小时抵达。
